Se ha reconocido que la microbiota intestinal modula el sistema inmunológico mediante la respuesta inmunitaria innata y adaptativa y la durabilidad de la protección, por tal motivo podría influir en la eficacia de las vacunas. Comprender esta relación es crucial para optimizar las estrategias de vacunación, especialmente en poblaciones vulnerables. El objetivo del estudio fue evaluar la evidencia sobre la influencia de la microbiota intestinal en la respuesta inmunológica a la vacunación en humanos.

Se realizó una revisión sistemática y metaanálisis siguiendo las directrices PRISMA, con búsquedas en PubMed, Scopus y Embase (enero 2020 a mayo 2026). Se incluyeron ensayos clínicos aleatorizados, estudios de cohortes y estudios de casos y controles. Se evaluó la calidad metodológica mediante la herramienta ROB-2. La búsqueda inicial identificó 1.052 artículos (PubMed: 669, Embase: 372, Scopus: 11). Tras eliminar duplicados y aplicar criterios de elegibilidad, se incluyeron 47 estudios (28 ECA, 15 cohortes, 4 casos-controles) con 12.847 participantes.

Los hallazgos principales demuestran que: (1) la abundancia de Bifidobacterium se asocia consistentemente con mejores respuestas a vacunas orales e inyectables (OR: 2.34; IC95%: 1.78-3.07); (2) la diversidad alfa del microbioma predice la inmunogenicidad de vacunas contra SARS-CoV-2, rotavirus e influenza; (3) las intervenciones con probióticos/prebióticos mejoran moderadamente las respuestas humorales (diferencia de medias estandarizada: 0.42; IC95%: 0.28-0.56); (4) el uso de antibióticos reduce significativamente los títulos de anticuerpos postvacunación (reducción media: 23-45%). Se identificó heterogeneidad significativa entre estudios (I²: 62-78%) atribuible a diferencias en tipos de vacunas, poblaciones y métodos de caracterización del microbioma.

Existe evidencia de que la composición de la microbiota intestinal influye en la respuesta vacunal. Las intervenciones dirigidas al microbioma representan una estrategia prometedora para mejorar la eficacia vacunal, particularmente en poblaciones con respuestas subóptimas. Finalmente, se requieren estudios multicéntricos estandarizados para establecer recomendaciones clínicas específicas.